miercuri, 30 martie 2022

Datele genomice ca resursă naturală

În ultimii ani a avut loc o tendință de centralizare internațională a datelor genomice, principalii actori gloabali (Marea Britanie, Statele Unite și Japonia) unindu-și eforturile în crearea și sincronziarea diverselor baze de date genomice.

Cu toate acestea, la sfârșitul lunii martie 2022, guvernul Chinei[1] a proclamat datele genetice drept o resursă naturală strategică, având în vedere totodată consolidarea controlului statului asupra diverselor unități de stocare a informațiilor genetice. Motivul invocat de autoritățile chineze are la bază protejarea informațiilor genetice ale locuitorilor Chinei de entități din afara statului. Primele măsuri întreprinse în acest sens au în vedere interzicerea transmiterii informațiilor genetice de către oameni de știintă chinezi în afara țării, precum și catalogarea bazelor de date genetice umane, inclusiv ale celor deținute de instituții academice, odată la fiecare 5 ani. Se are astfel în vedere accesul si controlul total al guvernului chinez asupra datelor genomice ale locuitorilor Chinei, afectând astfel în mod direct munca oamenilor de știință chinezi care nu vor mai putea garanta neimplicarea autorităților în cazul unor colaborări externe.

Aceste măsuri vin în urma unei politici agresive întreprinse de guvernul chinez în ultimii ani de colectare a datelor genetice ale locuitorilor de pe tot teritoriul Chinei în încercarea de a crea o hartă genetică a întregii populații masculine. Inițiativa a fost catalogată de New York Times drept o ,,escaladare majoră a eforturilor Chinei de a utiliza genetica în încecarea de a-și controla oamenii” întrucât aceste colectări de date genetice au avut loc în unele regiuni împotriva voinței populației etnice minoritare.

 

miercuri, 16 martie 2022

Aplicabilitatea algoritmului genetic în lumea reală

 

Algoritmul genetic reprezintă un tip de algoritm de optimizare. Este folosit pentru a găsi soluția optimă la o anumită problemă de calcul, și utilizează o funcție specială. Algoritmul imită procesele biologice de reproducere și selecție naturală pentru soluțiile cele mai potrivite. [1] Acest algoritm este mult mai eficient decât algoritmul de căutare aleatorie și cel de căutare cu forță brută. [2]

Deoarece algoritmii genetici sunt concepuți pentru a simula un proces biologic, o mare parte din terminologie este împrumutată din biologie. Componentele de bază pentru aproape toți algoritmii genetici sunt:

 

1)     o populație de cromozomi

2)     o funcție de fitness pentru optimizare

3)     selectarea cromozomilor care se vor reproduce

4)     încrucișarea pentru a produce următoarea generație de cromozomi

5)     mutația aleatorie a cromozomilor în noua generație.

 

Algoritmul genetic este utilizat în diferite aplicații și domenii, cum ar fi programarea automată, modelarea economică, sistemul imunitar uman, și altele.

Un grup de kazaci a propus ideea de translație a textului scris de mână, dintr-un set de date mare, în format electronic. Motivul principal pentru care aceștia au creat o astfel de aplicație constă în aceea că taxele, chestionarele, răspunsurile la examene sau alte documente sunt scrise de mână. Pentru a descifra mai ușor cele scrise, se face o conversie din textul scris de mână în contextul digital. [3] Kazacii au propus un algoritm genetic pentru segmentarea liniilor din fișierul text și a cuvintelor din propoziții pe baza enumerării aleatoare a unui parametru.

Și la problema vânzătorului călător se aplică algoritmul genetic. La această problemă se presupune că există un vânzător călător care trebuie să viziteze n orașe urmând cel mai scurt traseu posibil. Se vizitează fiecare oraș exact o dată, apoi se revine la orașul inițial parcurgându-se o altă rută sau aceeași rută. Astfel, cromozomii pentru algoritmul genetic vor fi diferitele permutări ale numerelor întregi de la 1 la n. Se implementează, ulterior, o funcție de potrivire a orașului (se privesc distanțele dintre orașe) pentru a găsi calea cea mai scurtă de la orașul oi la orașul oj.

Algoritmul genetic se mai folosește și pentru repararea sateliților GEO conform misiunii programate. [4] Fiecare navă spațială de întreținere trebuie să se apropie de sateliții țintă pentru a efectua misiuni de reparare cu combustibil limitat. Trebuie comunicată secvența optimă de întreținere a navei și ora de întâlnire a fiecărei nave spațiale la un anumit punct, pentru a minimiza costul total de combustibil al tuturor navelor spațiale, obținând, totuși, repararea tuturor sateliților țintă.

Algoritmii genetici sunt utilizați de companii pentru a optimiza programele și proiectează produse care variază de la sateliți și probleme astronautico-științifice până la mici cipuri de calculator și chiar conținutul medicamentelor.

Spre exemplu, laboratorul Național Los Alamos a folosit algoritmul pentru a analiza datele de la sateliți și pentru a crea efecte realiste pentru filmele precum The Lord of the Rings sau Troy. [5] Cu siguranță, algoritmul nu este ușor de implementat și necesită cunoștințe aprofundate din domeniul informaticii și al geneticii, și din domeniul în care se săvârșește proiectul sau operațiunea.

 


Bibliografie


[1] Goldberg, D. E., & Holland, J. H. (1988). Genetic algorithms and machine learning.

[2] Kinnear, K. E., Langdon, W. B., Spector, L., Angeline, P. J., & O'Reilly, U. M. (Eds.). (1994). Advances in genetic programming (Vol. 3). MIT press.

[3] Toiganbayeva, N., Kasem, M., Abdimanap, G., Bostanbekov, K., Abdallah, A., Alimova, A., & Nurseitov, D. (2021). KOHTD: Kazakh Offline Handwritten Text Dataset. 

[4] Han, P., Guo, Y., Li, C., Zhi, H., & Lv, Y. (2021). GEO satellites. 

[5] Mitchell, M. (2009). Complexity: A guided tour. Oxford University Press. 



Bioinformatica și genetica criminalistică

                                                                                                                                      Zoltan...